과학기술 관련 정부출연연구기관이 공동으로 운영하고 있는 과학기술연합대학원(UST)
2004년도 후기 입학 전형에서 우리 연구원 관련분야에 2명을 선발하였다. 선발된
이들은 미래첨단교통시스템공학 석·박사 과정  각 1명, 가상공학 박사과정
1명이다.  

또한 우리 연구원과 성균관대학교가 공동 운영하는 2004년도 후기 학·연
석·박사 과정에 기계공학과 전자전기공학 석사과정 각 1명씩을 선발하였다.
우리 연구원과 학·연 석·박사 과정 협약을 체결한 곳은 11개 대학으로
학점이수과정(코스워크)은 대학에서, 현장실습은 우리 연구원 등에서 이루어진다.